Gemeinsam mit den Gesundheitspartnern der Region arbeitet das Pius-Hospital daran, Kompetenzen aufeinander abzustimmen, zu bündeln und miteinander zu vernetzen. So haben sich Schwerpunkte herausgebildet, in denen das Pius-Hospital über besonders viel Kompetenz und Erfahrung sowie über ein gut funktionierendes, interdisziplinäres Netzwerk verfügt.
Diese Schwerpunkte liegen in den Bereichen Krebstherapie, Gynäkologie, Augenheilkunde, Lungenheilkunde, Thorax- und Gefäßchirurgie, Endoprothetik, Schilddrüsentherapie, Allgemein- und Viszeralchirurgie sowie in der radiologischen Diagnostik und Nuklearmedizin. Die verschiedenen, zertifizierten Zentren garantieren eine optimale Behandlung und ermöglichen besonders die Versorgung von sehr komplexen und schweren Fällen. Ein Fokus liegt auf der minimalinvasiven Chirurgie. So werden zum Beispiel 90 Prozent der gynäkologischen Operationen am Pius-Hospital auf diese Weise durchgeführt.
Neben dem Oldenburger Gefäßzentrum, dem Kompetenzzentrum für Schilddrüsen und Nebenschilddrüsenchirurgie, dem Endometriosezentrum und dem EndoProthetikZentrum der Maximalversorgung garantieren mehrere medizinische Kompetenzzentren im Bereich der Krebstherapie höchste Qualitätsstandards. Diese sind durch die Deutsche Krebsgesellschaft (DKG) zertifiziert: das Oldenburger Brustzentrum, das Gynäkologische Krebszentrum, das Lungenkrebszentrum, das Pankreaskrebszentrum, das Darmkrebszentrum sowie das Onkologische Zentrum.
Als eines von wenigen Krankenhäusern in ganz Deutschland bietet das Pius-Hospital zum Beispiel alle für die Lungenkrebsmedizin relevanten Bereiche unter einem Dach – von der Früherkennung bis zur Nachsorge. Das überregionale Traumazentrum (ÜTZ), welches das Evangelische Krankenhaus mit der Unterstützung der Allgemein- und Viszeralchirurgie des Pius-Hospitals betreibt, gilt als eines von zahlreichen Beispielen der kooperativen Zusammenarbeit der Oldenburger Krankenhäuser.